自身免疫性甲状腺疾病为特殊免疫防御(B细胞和T细胞)失调所引起的慢性炎症性的甲状腺疾病。通常出现在病毒感染后或者亚急性甲状腺炎后(有时)。遗传因素对疾病的形成有一定影响。在自身免疫病变过程中可形成以下三种抗体中的任何一种或几种：抗甲状腺过氧化物酶 (TPO)、甲状腺球蛋白 (TG) 和 TSH 受体(TSHR)抗体。